在《第二次超级机器人大战Z破界篇》中，存在一些隐藏要素，以下是其中的一些：
阿雷路亚觉醒
在第48话“夜明けの鐘”中，让主天使高达（ｱﾚﾙﾔ）与GN-X（碧利斯）战斗，并且双方都生存，会发生剧情，阿雷路亚的能力会强化。此外，机师头像会变更，ACE奖励会变成“回避率+20%， 命中率+20%”，精神指令中的“热血”变为“魂”，“信赖”变为“友情”，而“集中”、“根性”、“直感”的SP消耗变为10。武装“TRANSR-AM”的击破演出也会发生变化。在击坠皮里斯时，强化状态会解除，但在关卡后半段开始时，强化状态会恢复。需要注意的是，这个强化状态仅在48话中有效。
敌人变更
在第20话“砂塵に舞う悪意”中，如果未击坠增援的ジｮｼｭｱ，则在第48话“夜明けの鐘前篇”中，一机GN-X的驾驶员会变为ジｮｼｭｱ。
芯片获取
在第48话“夜明けの鐘”结束时，如果ﾛｯｸｵﾝ的击坠数在70以上，过关后会提示获得芯片“ﾊﾛ”。
在第33话“天を突く命”结束时，如果ｽザｸ的击坠数在40以上，过关后会提示获得芯片“ﾕグドﾗｼﾙドﾗｲブ”。
机体与部件获取
在第39话“ザ·ﾗｽﾄﾚｯドｼｮﾙダｰ”前半话中，如果ｷﾘｺ、バｰｺﾌ、ｺﾁｬｯｸ、ゴダﾝ、ザｷ每人至少击坠1机敌人，并且后半话中出现的ｲプｼﾛﾝ由ｷﾘｺ击坠，本话结束时ｷﾘｺ的击坠数在70以上，过关后会提示获得机体“ｽｺｰプドｯグTC·ISS（M）”。
在第33话“天を突く命”结束后，选择ｿﾚｽﾀﾙビｰｲﾝグ并同行，第34话“ﾒﾓﾘｱﾙ·デビｭｰ”剧情中选择ﾗﾝｶ或ｼｪﾘﾙ，第37话“雄々しく……そして、美しく”中选择相同的人，第45话“ﾘﾄﾙ·ｸ松山”发生突入剧情前，如果ｱﾙﾄ的击坠数在70以上，ｱﾙﾄ返回时会自动换装并获得部件“VF-25F（ｱﾙﾄ機）用部件ﾄﾙﾈｰドパｯｸ”。
其他隐藏要素
在第13话中，主角需要在基地雷达的右下（地图坐标右上角开始左11下9的位置）待机，会发生剧情，获得强化配件“自动修复机械”。
在第30话中，主角需要乘坐布拉斯塔移动到地图坐标左下角开始上6右13（要债的所在格子）的位置待机，获得强化配件“超级修理工具包”。
在第41话中，甲儿需要移动到兜家（地图上有三个被森林围住的屋子，中央那个，可以按X键查看地形情报），发生与暗黑寺的对话剧情后，获得强化配件“超合金Z”。
这些隐藏要素需要通过特定的剧情和条件才能获得，建议玩家在游玩过程中留意这些细节，以充分利用这些隐藏内容。
